目前已擁有魚類標(biāo)本 1700 余種，其中模式標(biāo)本 50 余種，館藏標(biāo)本 20000 余瓶，錄制標(biāo)本（包括骨骼標(biāo)本） 200 余件；整個(gè)展館由珍品區(qū)、河口區(qū)、近海區(qū)、遠(yuǎn)洋區(qū)、深溝區(qū)、魚骨貝殼區(qū)和漁船漁具模型館七個(gè)部分組成。
珍品區(qū)主要展示了國家一類、二類重點(diǎn)保護(hù)魚類和模式標(biāo)本。在國家重點(diǎn)保護(hù)動(dòng)物名錄中，一類、二類保護(hù)魚類共計(jì) 16 種，我所海洋生物科普館收藏陳列了 12 種。東海水產(chǎn)研究所創(chuàng)建以來，魚類研究人員先后研究、鑒定、確認(rèn)并公諸于世的新種共計(jì) 50 余種，館內(nèi)陳列了其中的 33 種模式標(biāo)本（例如褐毛鲿就是由 朱元鼎 先生命名的）。珍品區(qū)還展示了白鰭豚骨架和小須鯨骨架，這都是我所館藏中的珍品。
河口區(qū)主要展示了長江流域和近海地區(qū)。由我們熟悉的具有中國特色的“ 四大家魚 ”，還有我國一級保護(hù)動(dòng)物“ 中華鱘 ”、“ 白鱘 ”，甚至還有被世界自然基金會(huì)瀕危滅絕的物種列為第二位的波紋唇魚。這個(gè)展區(qū)能夠生動(dòng)地展示中國長江流域特有的魚類物種。
近海區(qū)主要展示了南海、東海和黃海的魚類物種，展品種類繁多，按照種群劃分，有鯊、鰩、魨、鰻等數(shù)十種，這個(gè)展區(qū)展現(xiàn)了我所參加全國近海普查的成果，對研究我國近海海洋生物提供了實(shí)物參考。學(xué)術(shù)價(jià)值極高。
遠(yuǎn)洋區(qū)主要展示了深海漁場綜合調(diào)查和南極科考留下的珍貴標(biāo)本，展品有金槍魚、小海豹、南極磷蝦等珍貴標(biāo)本，其中小海豹是錄制標(biāo)本實(shí)屬難得，南極磷蝦標(biāo)本也是我國現(xiàn)今保存較完整的標(biāo)本。
深溝區(qū)魚類指的是棲息于大陸架以下，能長期適應(yīng)黑暗，高壓和低溫等環(huán)境條件生活的一個(gè)類群。它們的體色、眼、口器、皮膚、骨骼和肌肉結(jié)構(gòu)與淺海魚類明顯不同，尤其體表上普遍還具備這能發(fā)光的特殊器官。根據(jù)東海深海區(qū)系的劃分，分布水深 150 米 以下的魚類計(jì) 306 種，主要有光尾鯊、角鯊、平頭魚、鉆光魚、燈籠魚、長尾鱈、蛇鯖等。
魚骨貝殼區(qū)主要展示了魚類骨架、貝殼和甲殼類動(dòng)物，在早期魚類分類學(xué)里，魚的骨架是分類的主要依據(jù)，人們通過特殊工藝，把魚肉和骨頭分離，然后做成干標(biāo)，每一個(gè)都是完好無損，可以看出標(biāo)本制作工匠的精湛工藝，極具藝術(shù)價(jià)值。
漁船漁具模型館主要展示我國常用漁具和漁船發(fā)展及作業(yè)方式。我國漁具共分十二類，刺網(wǎng)、圍網(wǎng)、拖網(wǎng)、地拉網(wǎng)、張網(wǎng)、敷網(wǎng)、抄網(wǎng)、掩罩、陷阱、釣具、耙刺、籠壺，為了能更好地反映我國主要漁具、漁法的特色和概況，本館共展出五十余種漁具、漁船等具有代表性的模型。
